Ông được bầu làm Giáo hoàng ngày 20 tháng 12 năm 1334, khi Gioan XXII qua đời, ông thực hiện những cải cách rộng lớn.

Trong triều đại của ông Tòa Thánh vẫn đóng ở vùng Avignon của Pháp. Dù phải sống tại Pháp, ông cũng vẫn điều hành công việc ở Roma. Năm 1336, Benedictus XII khởi công xây dựng Tòa Giáo hoàng tại Avigon. Tòa lâu đài Giáo hoàng đầu tiên với sự khô khan của nó là một phản ánh rất tốt tính cách của ông. Tuy nhiên ông không từ chối bất cứ sự trang trí nào và chính ông là người nhờ đến họa sĩ Stenna là Simore Martini.

Ông dấn thân làm việc để dẹp bỏ các tệ nạn hối lộ trong triều đình của Giáo hoàng đầy dẫy các Giám mục và các giáo sĩ cao cấp. Benedictus XII cố gắng cải tổ Giáo triều, canh tân hàng giáo sĩ Dòng và Triều. Ông buộc các Giám mục phải sống trong giáo phận của mình và canh tân các luật dòng nhất là luật dòng Thánh Biển Đức, Phan Sinh và Đa Minh. Benedictus XII buộc các Giám mục phải về sống với giáo phận của mình. Với chính sách nghiêm khắc và quản lý kinh tế của mình, ông đã xoay xở tích luỹ được một kho tài sản quý báu thực sự.

Mũ Giáo hoàng được đức Benedictô XII thêm tầng thứ ba. Từ nay việc bầu Giám mục được thay thế dần bằng việc đặt Giám mục "nhờ ân huệ Thiên Chúa và Tông Tòa". Ông không cho gia đình mình một ân huệ nào, và chỉ đặt những người xứng đáng lên các chức vị trong Giáo hội, do chính ngài đích thân sát hạch. Muốn cho nước Pháp được độc lập, ông kêu gọi chống lại vua Ludwig của Bayern.Trái với ý kiến của vị tiền nhiệm của ngài là Đức Gioan XXII, ông công bố Tông hiến Benedictus Deus (1336) khẳng định rằng người ta có thể có thị kiến diễm phúc trước ngày xác loài người sống lại.